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STMiner: Gene-centric spatial transcriptomics for deciphering tumor tissues
ID：22
View Protection：ATTENDEE
Updated Time：2025-03-27 15:40:51
Hits：720
Oral Presentation
Start Time：2025-03-29 15:10（Asia/Shanghai）
Duration：20min
Session：S3 一作面对面论坛（遗传） »
Abstract
空间转录组学技术在探究组织细胞异质性及细胞间相互作用方面意义重大，但肿瘤组织的 ST 数据分析面临诸多难题，如区域边界模糊、细胞密度不均和细胞异质性高等，这些问题会导致背景偏差，影响空间可变基因的准确识别。本报告介绍课题组开发的STMiner方法，以基因中心视角，借助 2D 高斯混合模型与最优传输理论，直接描绘基因的空间分布，有效减少背景偏差和数据稀疏性的影响，成功识别出被传统基于斑点分析工具忽略的关键基因集和空间结构。
Keywords
空间转录组;肿瘤;机器学习
Speaker
孙培森
博士研究生 西安交通大学| 孙培森，西安交通大学电信学部自动化学院在读博士生，导师为叶凯教授。主要研究方向为基因组学，单细胞空间多组学的算法开发和数据分析，重点关注疾病等组织多组学数据之间的关联以及发掘潜在的生物学信号。以第一作者发表SCI论文3篇。 |
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Mar 28
2025
toMar 30
2025
-
Apr 15 2025
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大鹏湾实验室
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